影片延续前作设定，聚焦忍者神龟四人组的冒险历程，通过动画形式展现变种生物与人类世界的互动冲突。故事融合动作场景与喜剧元素，保留了中国功夫与街头文化结合的视觉风格，并延续前作核心配音阵容，尼古拉斯·坎图继续为莱昂纳多配音。

　　　　在一段晦暗的日子里，云隐、雾隐和岩隐的忍者接连遭到神秘忍者的袭击，而从这些地方发来的通缉令全部指向了木叶村的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）。鸣人百口莫辩，最终被五花大绑，投入了“血狱”鬼灯城。鬼灯城地处大海中央的孤岛…

　　　　鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和鹿丸三人进入深山寻找走失的雪貂，在回来的路上，他们遭到全副武装的骑士团的袭击。在激烈的对抗中，鸣人和对方的白甲头目特穆金一同跌落悬崖，两人被刚巧路过的商队所救。一路上…

　　　　第四次忍界大战结束的两年后，此时此刻的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）早已成为盖世英雄一般的人物，无论他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜爱与追捧，他似乎也有其享受这样喧嚣欢闹的氛围。与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈…

　　　　为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子 配音）命令大和（小山力也 配音）率领小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、佐井（日野聪 配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以…

　　　　为追踪4名血继限界继承者的下落，小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、卡卡西（井上和彦 配音）和佐井奉命前往。但在岩隐和草隐交界的须弥山失去目标，鸣人和佐井也身受重伤。在此之后，自称卑留呼（保志総一朗 …

　　　　某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老…

　　　　幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预…